Mais de 15 anos após a Quarta Grande Guerra Ninja, o mundo finalmente se encontra em paz, Naruto Uzumaki realizou seu sonho de se tornar Hokage, alguns anos após seu casamento com Hinata Uzumaki, com quem teve dois filhosː Boruto e Himawari. Seu filho mais velho se tornou parte da equipe comanda por Konohamaru Sarutobi, junto com a filha de Sasuke Uchiha com Sakura, Sarada, além de Mitsuki, criação de Orochimaru.
Boruto se sente distante de seu pai devido aos seus deveres como Hokage, quando Sasuke vem à vila para alertar um perigo a Naruto, ele é abordado por Boruto, que o convence a ser seu mestre, mas o Uchiha diz que só aceita se ele souber fazer o Rasengan, para obter atenção de seu pai, o jovem acaba trapaceando e adquirindo uma ferramenta ninja capaz de realizar qualquer jutsu de forma simples, mas durante o Exame Chunin, durante uma batalha contra Shikadai, filho de Shikamaru Nara e Temari, seu truque acaba sendo descoberto e ele é desclassificado do torneio, tendo sua bandana retirada pelo seu próprio pai. Momoshiki e Kinshiki, do clã do Otsutsuki, invadem a arena para capturar a Kurama de Naruto e assim revitalizar a Árvore Divina na dimensão de onde vieram.
Após ver seu pai arriscar a vida pela vila, Boruto pede a ajuda de Sasuke e dos Cinco Kages para trazê-lo de volta.
Eles chegam na outra dimensão através de um portal, e encontram o Sétimo Hokage, dando início a uma grande batalha. Kinshiki tem seu poder absorvido por Momoshiki.
Após Sasuke o ter distraído, Naruto passa uma grande quantidade de chakra para seu filho, possibilitando a criação de um Rasengan gigante, para dar um fim a Momoshiki. Embora morrendo, notando o potencial inexplorado do seu assassino, Momoshiki vive o suficiente para ter uma discussão privada com Boruto e avisa que ele logo enfrentará muita adversidade e sofrimento em sua vida. Boruto adquiriu poderes divinos por derrotar Momoshiki. Sem saber o que o futuro lhe reserva, ele aceita seu destino.
